光學顯微鏡與電子顯微鏡有很大區(qū)別，光源不同、透鏡不同、成像原理不同， 分辨率不同、景深不同、制備樣本方式不同。光學顯微鏡俗稱光鏡，是一種以可見光為照明光源的顯微鏡。光學顯微鏡是利用光學原理，把人眼所不能分辨的微小的物體放大成像，以供人們提取微細結(jié)構(gòu)信息的光學儀器。在細胞生物學應用十分廣泛。光學顯微鏡一般由載物臺、聚光照明系統(tǒng)、物鏡，目鏡和調(diào)焦機構(gòu)組成。載物臺用于承放被觀察的物體。利用調(diào)焦旋鈕可以驅(qū)動調(diào)焦機構(gòu)，使載物臺粗調(diào)或者微調(diào)運動，便于被觀察物體成像清晰。光學顯微鏡所成的像為倒像（上下倒立、左右互換）電子顯微鏡是高端技術(shù)產(chǎn)品的誕生物，與我們平時用的光學顯微鏡有相似的地方，但又與光學顯微鏡有極大的不同。首先，光學顯微鏡是利用光源。而電鏡利用的是電子束，并且兩者可看到的結(jié)果有所差別，單且說放大倍數(shù)的不同，比如觀察一個細胞，光鏡只能看到細胞和部分細胞器，像線粒體和葉綠體，但是只能看到其細胞的存在，看不到細胞器的具體結(jié)構(gòu)。而電子顯微鏡可以更詳細的看到細胞器的精細結(jié)構(gòu)，甚至可以看到像蛋白質(zhì)這樣的大分子。電子顯微鏡包括透射式電子顯微鏡、掃描式電子顯微鏡、反射式電子顯微鏡和發(fā)射式電子顯微鏡等。其中掃描電鏡應用更為廣泛。掃描電子顯微鏡在材料的分析和研究方面應用十分廣泛,主要應用于材料斷口分析、微區(qū)成分分析、各種鍍膜表面形貌分析、層厚測量和顯微組織形貌及納米材料分析也能與 X 射線衍射儀或電子能譜儀相結(jié)合，構(gòu)成電子微探針，用于物質(zhì)成分分析等。掃描電鏡（Scanning Electron Microscope）簡寫為 SEC,是一種新型的電子光學儀器。由真空系統(tǒng)，電子束系統(tǒng)以及成像系統(tǒng)三大部分組成。它是利用細聚焦電子束在樣品表面掃描時激發(fā)出來的各種物理信號來調(diào)制成像的。入射的電子導致樣品表面被激發(fā)出次級電子。顯微鏡觀察的就是這些每個點散射出來的電子，放在樣品旁的閃爍晶體接收這些次級電子，通過放大后調(diào)制顯像管的電子束強度，改變顯像管熒屏上的亮度。顯像管的偏轉(zhuǎn)線圈與樣品表面的電子束保持同步掃描，這樣顯像管的熒光屏就顯示出樣品表面的形貌圖像。它具有制樣簡單、放大倍數(shù)可調(diào)、范圍寬、圖像的分辨率高、景深大等特點。透射電子電子顯微鏡應用表現(xiàn)：1、晶體缺陷分析。一切破壞正常點陣周期的結(jié)構(gòu)統(tǒng)稱為晶體缺陷，如空位、位錯、晶界、析出 物等。這些破壞點陣周期性的結(jié)構(gòu)都將導致其所在區(qū)域的衍射條件發(fā)生變化，使得缺陷所在區(qū)域的衍射條件不同于正常區(qū)域的衍射條件，從而在熒光屏上顯示出相應的明暗程度差別。2、組織分析。除了各種缺陷可以產(chǎn)生不同的衍射花紋，通過它們可以在觀察組織形貌的同時進行晶體的結(jié)構(gòu)和取向分析。3、原位觀察。利用相應的樣品臺，可以在透射電鏡中進行原位實驗。如，利用應變拉伸樣品觀察其形變和斷裂過程。4、高分辨顯微技術(shù)。提高分辨率以便更能深入觀察物質(zhì)的微觀結(jié)構(gòu)一直是人們不斷追求的目標。高分辨率電子顯微鏡利用的是電子束相位的變化，由兩束以上的電子束相干成像，在電子顯微鏡分辨率足夠高的條件下，所用的電子束越多，圖像的分辨率越高，甚至可以用于薄樣品原子結(jié)構(gòu)成像。